Stångåns vattenråd är indelat i fyra arbetsgrupper.
Vimmerby – från Stångåns huvudkälla via Ydrefors, Storebro och Vimmerby norrut till Horn.
Kindasjöarna – Föllingesjöarna samt Åsunden med tillflöden från Ämmern och många andra sjöar och vattendrag
Stora sjöarna – Järnlunden och Drögen norrut genom Lilla och Stora Rängen.
Ärlången till utloppet i Roxen – från Ärlången genom Linköping och fram till utloppet i Roxen